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Cell：长读长测序组装肠菌完整基因组，深度解析儿童营养不良Cell——[42.5]
① 研究设计与数据：本研究对马拉维幼儿进行为期11个月的纵向粪便宏基因组分析，系统比较了长读长测序PacBio（PB）、Oxford Nanopore（ONT）与短读长Illumina（ILMN）技术在恢复完整宏基因组组装基因组（cMAGs）方面的效能，共获得986个cMAGs，其中839个为环状、74个为潜在新物种。② 技术平台比较：研究证实长读长测序生成完整基因组的效率远超短读长，其cMAGs产出率高出44至64倍，其中PB平台在组装准确性、完整度和成本效益上综合表现最佳。③ 核心关联发现：儿童线性生长迟缓与“常驻”肠道微生物随时间的基因组不稳定性直接相关，即生长改善儿童的微生物基因组更稳定，而生长迟滞儿童的微生物基因组更不稳定（平均核苷酸一致性（ANI）随时间的下降幅度更大）。④ 关键菌属与基因：泛基因组与微生物全基因组关联研究（mGWAS）识别出多个与生长相关的菌属，其中双歧杆菌属、巨球菌属、粪杆菌属和普雷沃菌属的特定基因变异与儿童年龄别身长Z评分（LAZ）改善或母乳喂养状态显著关联；发现89个与良好生长相关基因，其中包括脂多糖修饰相关的arnC。⑤ 病毒整合线索：粪杆菌属中噬菌体整合事件在LAZ上升的儿童中更频繁，提示病毒-细菌相互作用及菌株进化可能参与生长差异。⑥ 数据库与应用：把本研究产生的986个cMAGs引入到公共数据库GTDB后，能显著提升物种分类与下游分析分辨率，为微生物组研究提供了高质量参考。
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Culture-independent meta-pangenomics enabled by long-read metagenomics reveals associations with pediatric undernutrition
2025-09-09 , doi: 10.1016/j.cell.2025.08.020
林欣等Cell子刊：肠道（而非皮肤）微生物是银屑病炎症关键因素Immunity——[26.3]
① 研究设计与模型：使用携带CARD14E138A突变的自发性银屑病小鼠模型，结合抗生素处理、微生物移植及代谢组学分析，探究肠道菌群与皮肤炎症的关联。② 核心发现：肠道菌群与宿主“代谢接力”生成吲哚硫酸盐（I3S），通过激活芳烃受体（AHR）信号调控皮肤Th17细胞功能，驱动银屑病炎症进程，且患者血清I3S水平与病情严重度相关。③ 肠道菌群主导炎症：口服抗生素抑制肠道菌群可显著缓解小鼠皮肤炎症，而皮肤局部抗生素无效，粪菌移植实验进一步证明肠道而非皮肤微生物是炎症关键驱动因素。④ I3S促炎机制：I3S通过AHR依赖性染色质重塑，增强Th17细胞关键效应基因（如 Il17a、Il23r）的可及性，强化Th17细胞功能。⑤ 临床相关性：在62例患者队列中，血清I3S水平显著升高，且与银屑病面积和疾病严重程度正相关，提示其为潜在生物标志物。⑥ 代谢通路解析：膳食色氨酸经肠菌色氨酸酶TnaA转化为吲哚，宿主肝脏进一步将吲哚代谢生成I3S，定植敲除TnaA的工程菌可减少I3S产生并减轻炎症。⑦ 治疗启示：在T细胞中特异性缺失Ahr或药理抑制AHR通路可限制Th17扩增与皮肤炎症，提示靶向肠道菌群代谢或AHR信号是潜在治疗策略。
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Gut microbe-derived metabolites drive psoriatic inflammation via modulation of skin Th17 cells
2025-09-09 , doi: 10.1016/j.immuni.2025.08.006
Nature子刊：新算法MDSINE2化繁为简，揭示肠道菌群互作网络的稳定性机制Nature Microbiology——[19.4]
① 研究工具与数据：本研究推出微生物动力学系统推断引擎2（MDSINE2），一个开源的贝叶斯工具，并构建两个人源化小鼠高时间分辨率菌群数据集（健康与溃疡性结肠炎供体），旨在从复杂的微生物组时序数据中学习可解释的生态系统级动态模型。② 核心方法创新：MDSINE2在广义洛特卡–沃尔泰拉（gLV）框架上引入自动学习的“交互模块”（相互作用与扰动响应相似的微生物群组），在量化参数不确定性的同时显著降低模型复杂度。③ 模型性能优势：在真实数据的轨迹预测与半合成数据的参数恢复基准中，MDSINE2整体优于现有方法；其模块化结构使参数量减少超过72倍，并仍保持较高预测准确性。④ 关键生态洞察：对健康小鼠肠道菌群的分析显示，特定的功能模块扮演着促进系统丰度的“正关键性”角色（如富含瘤胃球菌科的模块M3），或抑制性的“负关键性”角色（模块M4），揭示了潜在的跨物种交叉喂养层级结构。⑤ 系统稳定性机制：该模型揭示了健康的微生物生态系统具有高度稳定性，其推断出的交互网络中，能导致不稳定的互利共生(+,+)或竞争(-,-)反馈回路显著少于预期，而有利于稳定的寄生(+,−)关系则占主导地位，表明网络拓扑结构是维持生态系统稳态的关键。
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Learning ecosystem-scale dynamics from microbiome data with MDSINE2
2025-09-09 , doi: 10.1038/s41564-025-02112-6
刘源等Nature子刊：一种口腔病毒通过分子模拟机制，促进干燥综合征Nature Microbiology——[19.4]
① 研究对象与方法：对35例干燥综合征（SjD）患者及25名健康对照者的唾液样本进行病毒组分析，旨在揭示与SjD相关的病毒组特征。② 核心机制发现：在SjD患者中升高的Vientovirus（一种近期发现的环状单链DNA病毒）通过分子模拟机制触发自身免疫反应，促进疾病。③ 病毒组差异：SjD患者唾液中Siphoviridae噬菌体和Vientovirus等真核病毒丰度升高，且高疾病活动组真核RNA病毒多样性增加，Vientovirus与抗SSA/Ro52自身抗体水平升高及泪腺功能受损相关。④ 分子模拟证据：序列比对鉴定出与SSA/Ro52的B细胞表位高度相似的Vientovirus衣壳蛋白肽段；SjD患者血清中，抗该肽的免疫球蛋白G（IgG）明显升高。⑤ 体外证据：该肽段能与SjD患者血清中的抗体结合，并有效阻断抗SSA/Ro52自身抗体与靶抗原的结合。⑥ 体内验证：用该肽免疫小鼠可诱导产生抗SSA/Ro52抗体、泪液减少及泪腺免疫复合物沉积与炎症浸润等SjD样病理特征。
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Vientovirus capsid protein mimics autoantigens and contributes to autoimmunity in Sjögren's disease
2025-09-08 , doi: 10.1038/s41564-025-02115-3
Nature子刊：癌症中的多界微生物组（综述）Nature Microbiology——[19.4]
① 核心观点概述：本综述系统阐述了细菌、真菌、病毒及寄生虫构成的多界癌症微生物组，提出了其与癌症发生、进展、转移和治疗响应之间复杂关系的分类框架，并强调了克服技术挑战以实现临床转化的必要性。② 历史与概念框架：研究历史可追溯至20世纪初对致癌病毒的发现，而高通量测序技术揭示了微生物在肿瘤中的广泛存在；本文提出一个从作用范围（局部或系统性）、方式（直接或间接）和结果（促癌或抗癌）三个维度来解析微生物影响的概念框架，并规范癌症相关、肿瘤相关、黏膜相关与肿瘤内等术语。③ 多界促癌机制：不同微生物通过多样化机制促癌，例如幽门螺杆菌和部分寄生虫通过诱导慢性炎症间接促癌，人乳头瘤病毒（HPV）等4种病毒表达癌蛋白直接转化宿主细胞，而具核梭杆菌和某些念珠菌则分别在结直肠癌和消化道肿瘤中富集并发挥作用。④ 影响肿瘤转移：微生物可诱导上皮—间质转化和癌症干细胞特性、重塑微环境并释放细胞外囊泡，促进血管黏附、免疫抑制与远处定植，从而推动转移。⑤ 抗癌潜力与治疗：微生物亦扮演抗癌角色，特定肠道菌群可显著提升免疫检查点抑制剂疗效，而基于卡介苗的膀胱癌疗法、溶瘤病毒及工程菌递送药物等策略，均展示了利用微生物治疗癌症的巨大潜力。⑥ 挑战与研究展望：从肿瘤测序数据中识别真实的微生物信号面临生物污染和技术假阳性的严峻挑战，亟需建立标准化的分析流程和多维度的验证方法，结合空间多组学等新技术以精确解析其在肿瘤微环境中的定位与功能。
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The multi-kingdom cancer microbiome
2025-09-09 , doi: 10.1038/s41564-025-02103-7
张学等Nature子刊：一种肠道T细胞或能破解大肠癌免疫治疗耐药难题Nature Cell Biology——[19.1]
① 研究背景与方法：采用单细胞转录组/免疫受体多组学与bulk RNA测序，系统刻画结直肠癌（CRC）患者及健康者的回肠、结肠与肿瘤免疫图谱。② 核心发现：CD160是调控CD8⁺ T细胞耗竭的关键分子，其表达水平决定了抗PD-1免疫疗法的敏感性；过继性回输CD160⁺CD8⁺ T细胞能有效克服治疗耐药。③ 关键细胞特征：回肠富含一群独特的CD160⁺CD8⁺ T细胞，它们具有强克隆扩增能力和抗终末耗竭特性，但在肿瘤微环境中其数量显著减少，提示其缺失与免疫抑制相关。④ 体内功能验证：在微卫星高度不稳定（MSI-H）和炎症诱导的CRC模型中，回输CD160⁺CD8⁺ T细胞能显著抑制肿瘤生长，而基因敲除Cd160会加速肿瘤恶化；在抗PD-1耐药小鼠模型中，与PD-1联用几乎清除肿瘤，提示过继细胞治疗潜力。⑤ 核心分子机制：CD160通过直接与PI3K调节亚基p85α相互作用，激活AKT-NF-κB信号通路，进而上调功能效应分子FcεR1γ和4-1BB的表达，增强细胞毒性。⑥ 临床治疗价值：在MSI-H CRC患者中，肿瘤浸润CD160⁺CD8⁺ T细胞的丰度与抗PD-1治疗的良好反应密切相关，回输该细胞有望成为逆转耐药的新策略。
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CD160 dictates anti-PD-1 immunotherapy resistance by regulating CD8+ T cell exhaustion in colorectal cancer
2025-09-09 , doi: 10.1038/s41556-025-01753-3
李玉红等：压力助长肿瘤？Akk菌外膜囊泡或是抗肠癌新武器Gut Microbes——[11]
① 研究对象与方法：研究整合结直肠肿瘤（CRC）患者分组数据与结肠炎相关性结直肠癌（CAC）小鼠模型，采用慢性不可预见性轻度应激、16S测序、抗生素清除与粪菌移植（FMT）等手段解析“应激-菌群-肿瘤”关系。② 核心发现：慢性应激显著促进CRC进展，而嗜黏蛋白阿克曼氏菌丰度下降与肿瘤负荷上升相关，补充该菌或其外膜囊泡（OMVs）可明显缓解肿瘤生长并降低Ki67增殖标志。③ 菌群介导证据：广谱抗生素削弱应激促瘤效应，来源于应激小鼠的菌群可通过FMT转移促瘤表型，证明应激的致癌作用依赖其诱导的肠道菌群失调。④ 关键菌种变化：在患者与小鼠的粪便及肿瘤组织中，嗜黏蛋白阿克曼氏菌显著减少，且其丰度与肿瘤体积/数量呈负相关，提示其保护作用的缺失是促瘤关键环节。⑤ 机制与作用通路：该菌主要通过释放OMVs发挥抑瘤功能，OMVs被结直肠癌细胞高效摄取，选择性抑制肿瘤细胞活力与集落形成，而对正常结肠上皮细胞无明显毒性。⑥ 囊泡特性与转化：OMVs在模拟胃肠环境中稳定，富集与脂肪酸生物合成/延长相关蛋白，结合其口服可行性与安全性优势，提示其作为应激相关CRC干预的治疗潜力。
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Akkermansia muciniphila ameliorates chronic stress-induced colorectal tumor growth by releasing outer membrane vesicles
2025-09-08 , doi: 10.1080/19490976.2025.2555618
从分散到凝集，高尔基体形态变化调控YAP1与胃癌进展Cancer Research——[16.6]
① 多模型综合研究：本研究利用人胃癌细胞系、小鼠异种移植模型及临床组织样本，探究了高尔基体的形态变化（凝集与碎片化）如何影响胃癌恶性进展。② 核心机制发现：高尔基体凝集通过激活YAP1的核转位，显著增强了胃癌细胞的增殖与迁移能力。③ 信号通路解析：凝集的高尔基体能促进其衍生的微管形成并提升囊泡运输效率，这是驱动YAP1进入细胞核并发挥其促癌功能的关键上游机制。④ 潜在治疗策略：在小鼠模型中，使用药物诱导高尔基体碎片化能有效抑制肿瘤生长，揭示了靶向高尔基体形态可作为一种潜在的胃癌治疗方法。⑤ 临床关联：与肠型胃癌及非印戒细胞癌相比，在侵袭性强的印戒细胞癌中，YAP1激活与高尔基体面积的负相关性更为显著，凸显了高尔基体动态在特定胃癌亚型中的重要性。
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Condensation of the Golgi Apparatus Activates YAP1 to Promote Gastric Cancer Progression
2025-09-08 , doi: 10.1158/0008-5472.CAN-24-3920
BMJ：限时进食+运动，未能有效预防风险人群的妊娠期糖尿病British Medical Journal——[42.7]
① 研究设计与对象：单中心随机对照试验，在167名具≥1项妊娠期糖尿病（GDM）风险因素的备孕者中，评估孕前启动并贯穿孕期的限时进食（≤10小时/天，至少每周5天）联合以个人活动指数（PAI）为目标的运动训练（每周≥100分）的生活方式干预效果。② 核心发现：该干预未能显著改善孕晚期（28周）口服葡萄糖耐量试验（OGTT）2小时血糖，或降低妊娠期糖尿病发病率，但干预组的孕期体重和脂肪增幅显著低于对照组（分别减少2.0 kg和1.5 kg）。③ 血糖与GDM：孕期多项血糖与胰岛素相关指标差异不显著，28周GDM发生率为16.3%对11.5%亦无统计学差异（P=0.57），显示组合干预对糖耐量改善有限。④ 依从性变化：干预组孕前依从性尚可，但孕期依从性显著下降，尤其在运动方面，第三孕期PAI达标率仅15%。⑤ 代谢整体影响：：两组在总能量摄入、胰岛素抵抗、血脂等其他心脏代谢指标上无显著差异，表明此干预方案的整体代谢生理影响有限。⑥ 局限与启示：样本以高学历白人为主，外推性受限；结果提示若孕前生活方式干预未能实现大幅减重，则可能不足以改善孕期糖耐量，需探索更可行且更强效的策略以提升长期依从性与代谢获益。
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Time restricted eating and exercise training before and during pregnancy for people with increased risk of gestational diabetes: single centre randomised controlled trial (BEFORE THE BEGINNING)
2025-09-09 , doi: 10.1136/bmj-2024-083398
Nature子刊：饮食选择如何影响地球物种灭绝风险？Nature Food——[21.9]
① 研究框架与方法：本研究基于土地覆盖变化对未来物种灭绝影响指标（LIFE），整合全球140种食物与174个国家的生产、消费及来源数据，并采用机会成本框架量化约3万种陆生脊椎动物的边际灭绝风险。② 核心发现：不同食物及其产地对单位灭绝风险的影响可相差达三个数量级，动物性产品与热带产的“奢侈”作物普遍高于主食作物与蔬菜。③ 反刍肉类高风险：按质量计反刍动物肉的中位影响约为谷物的340倍、为豆类的约100倍；按蛋白质含量校正后其高影响仍显著，且仍高于禽肉与植物蛋白。④ 产地差异显著：热带与亚热带地区因生物多样性与特有性更高，单位面积农业对全球灭绝风险的推动更强；同一商品不同产地差异可达约十倍（如咖啡南美/撒哈拉以南非洲高于东南亚）。⑤ 消费外溢明显：英国与日本的消费驱动影响逾95%来自进口，而美国约九成影响源于国内生产；巴西、印度等亦以国内生产为主，提示贸易与本土集约化均为关键杠杆。⑥ 饮食转型减害：在美国情景中，转向星球健康饮食（EAT-Lancet）可将总体影响降至约四分之一；在此基础上，素食或纯素食可进一步将剩余影响削减一半以上。
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Food impacts on species extinction risks can vary by three orders of magnitude
2025-09-09 , doi: 10.1038/s43016-025-01224-w
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